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平成9年1月より前は加入年金制度ごとに年金番号が付けられ、制度ごとに記録の管理が行われていました。そのため、公的年金制度を異動するたびに新たな年金番号が付与され、1人でいくつもの年金番号を持つ方がいました。
平成9年1月からは、基礎年金番号制度が発足し、1人に1つの基礎年金番号に統一され、管理がスムーズに行われるようになりました。

付与の方法として、平成9年1月の時点で、加入していた又は加入すべき公的年金制度の固有の年金番号を付与することにし、当時公的年金に関する届出が行われていない場合でも、当該年金番号を基礎年金番号とすることにしました。
しかし、制度の創設当初は、特にシステムがスムースに動かなかったり、何らかの手違いから1人に複数の基礎年金番号が付与されてしまうケースがありました。その場合には、基礎年金番号を統一しないと、年金制度上は1人の者が複数の人間と記録されてしまい、将来、年金給付の受給権が生じない場合も考えられます。そこで、「基礎年金番号重複取消届」を提出して、基礎年金番号を統一します。
統一するときは、平成9年1月時点に加入又は加入すべき公的年金制度で付与された年金番号に統一します。当時、付与されていなければ、初めて付与された基礎年金番号に合わせます。

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